اپلیکیشن اندرویدی فلش‌کارت آموزشی کاربرد زیست‌انفورماتیک در تحلیل داده‌های ژنومی کشاورزی

📚 کتاب آموزشی جامع

📚 اطلاعات کتاب

عنوان کتاب: کتاب کاربرد زیست‌انفورماتیک در تحلیل داده‌های ژنومی کشاورزی

موضوع کلی: امنیت غذایی و کشاورزی پایدار

موضوع میانی: سرمایه‌گذاری در تحقیق و توسعه کشاورزی

📋 سرفصل‌های کتاب (100 موضوع)

• 1. مقدمه ای بر زیست‌انفورماتیک و کشاورزی
• 2. اهمیت داده های ژنومی در کشاورزی
• 3. مبانی ژنومیک
• 4. ساختار DNA و RNA
• 5. قوانین مندل و وراثت
• 6. مفاهیم پایه ژنتیک مولکولی
• 7. شناخت انواع داده های ژنومی
• 8. توالی یابی DNA: اصول و روش ها
• 9. نسل اول توالی یابی (Sanger)
• 10. نسل دوم توالی یابی (NGS)
• 11. نسل سوم توالی یابی (Long-read sequencing)
• 12. پردازش اولیه داده های توالی یابی
• 13. کنترل کیفیت داده ها
• 14. نرم افزارهای کنترل کیفیت (FastQC)
• 15. حذف آداپتورها و خوانش های با کیفیت پایین
• 16. هم ترازی توالی ها (Alignment)
• 17. الگوریتم های هم ترازی (BLAST, Bowtie, BWA)
• 18. تفسیر نتایج هم ترازی
• 19. انواع هم ترازی (Global, Local)
• 20. بازسازی ژنوم (Genome Assembly)
• 21. روش های بازسازی (De novo, Reference-guided)
• 22. ارزیابی کیفیت بازسازی ژنوم
• 23. نرم افزارهای بازسازی ژنوم (SPAdes, Velvet)
• 24. شناسایی ژن ها (Gene Prediction)
• 25. روش های مبتنی بر توالی (Ab initio)
• 26. روش های مبتنی بر همولوژی
• 27. روش های ترکیبی
• 28. حاشیه نویسی ژنوم (Genome Annotation)
• 29. شناسایی نواحی کد کننده پروتئین (CDS)
• 30. شناسایی RNA های غیر کد کننده (ncRNA)
• 31. شناسایی عناصر تنظیمی (Promoters, Enhancers)
• 32. پایگاه های داده ژنومی (NCBI, Ensembl)
• 33. نحوه جستجو و استخراج اطلاعات از پایگاه های داده
• 34. تحلیل داده های بیان ژن (Gene Expression Analysis)
• 35. انواع داده های بیان ژن (RNA-Seq, Microarrays)
• 36. پردازش داده های RNA-Seq
• 37. بازسازی RNA-Seq و هم ترازی
• 38. کوانتیفیکاسیون بیان ژن
• 39. شناسایی ژن های افتراقی بیان شده (DEG)
• 40. نرم افزارهای تحلیل بیان ژن (DESeq2, edgeR)
• 41. تفسیر نتایج بیان ژن
• 42. تحلیل مسیرهای سیگنالینگ (Pathway Analysis)
• 43. شناسایی مسیرهای بیولوژیکی مرتبط با تغییرات بیان ژن
• 44. نرم افزارهای تحلیل مسیر (GO, KEGG)
• 45. تفسیر نتایج تحلیل مسیر
• 46. تحلیل پلی مورفیسم تک نوکلئوتیدی (SNP Analysis)
• 47. شناسایی SNP ها از داده های ژنومی
• 48. انواع SNP ها و اهمیت آنها
• 49. نقشه برداری ژنتیکی (Genetic Mapping)
• 50. شناسایی نواحی ژنومی مرتبط با صفات (QTL Mapping)
• 51. نرم افزارهای نقشه برداری ژنتیکی
• 52. کاربرد SNP ها در انتخاب نژاد (Genomic Selection)
• 53. انتخاب نژاد مبتنی بر اطلاعات ژنومی
• 54. مدل های انتخاب نژاد (GBLUP)
• 55. ارزیابی عملکرد مدل های انتخاب نژاد
• 56. شناسایی و تحلیل ژن های مرتبط با صفات مهم کشاورزی
• 57. مقاومت به آفات و بیماری ها
• 58. تحمل به تنش های محیطی (خشکی، شوری)
• 59. افزایش عملکرد و کیفیت محصول
• 60. شناسایی ژن های مسئول طعم، رنگ، اندازه
• 61. کاربرد داده های اپی ژنومیک
• 62. متیلاسیون DNA
• 63. تعدیل هیستون ها
• 64. RNA های غیر کد کننده بلند (lncRNAs)
• 65. پردازش و تحلیل داده های اپی ژنومیک
• 66. کاربرد زیست‌انفورماتیک در اصلاح نباتات
• 67. شناسایی مارکرهای مولکولی
• 68. توسعه مارکرهای مولکولی (SSR, SNP)
• 69. کاربرد مارکرها در گواهی بذر
• 70. توسعه واریته های جدید با استفاده از اطلاعات ژنومی
• 71. ردیابی میراث ژنتیکی (Introgression)
• 72. کاربرد در دامپروری
• 73. ژنومیک در دامپروری
• 74. انتخاب نژاد در دام
• 75. شناسایی ژن های مرتبط با تولید شیر، گوشت، تخم مرغ
• 76. مقاومت به بیماری ها در دام
• 77. کاربرد در شیلات
• 78. ژنومیک در شیلات
• 79. اصلاح گونه های آبزی
• 80. شناسایی ژن های مرتبط با رشد، مقاومت، کیفیت
• 81. کاربرد در میکروبیوم کشاورزی
• 82. تحلیل داده های میکروبیوم خاک و ریشه
• 83. شناسایی باکتری ها و قارچ های مفید
• 84. تأثیر میکروبیوم بر سلامت گیاه و جذب مواد مغذی
• 85. کاربرد در کشاورزی دقیق
• 86. جمع آوری داده های میدانی
• 87. ادغام داده های ژنومی با داده های میدانی
• 88. تصمیم گیری در مدیریت مزرعه
• 89. اخلاق و مسائل حقوقی در داده های ژنومی کشاورزی
• 90. امنیت داده ها
• 91. مالکیت معنوی
• 92. دسترسی به داده ها
• 93. مسائل زیست محیطی و ایمنی
• 94. آینده زیست‌انفورماتیک در کشاورزی
• 95. هوش مصنوعی و یادگیری ماشین در تحلیل ژنومی
• 96. داده های حجیم (Big Data) در کشاورزی
• 97. فناوری های جدید توالی یابی
• 98. تک سلولی ژنومیک (Single-cell genomics)
• 99. کاربرد در تنوع زیستی کشاورزی
• 100. حفظ و بازیابی تنوع ژنتیکی