کتاب صوتی شبیه‌سازی دینامیک مولکولی پیشرفته در شیمی و فیزیک (با رویکرد محاسباتی)

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره شبیه‌سازی دینامیک مولکولی پیشرفته در شیمی و فیزیک (با رویکرد محاسباتی)

موضوع کلی: محاسبات علمی و شبیه‌سازی

موضوع میانی: شبیه‌سازی دینامیک مولکولی

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مبانی شبیه‌سازی دینامیک مولکولی
• 2. معرفی الگوریتم‌های انتگرال‌گیری
• 3. روش ورلت و انواع آن
• 4. انتگرال‌گیر Leapfrog
• 5. انتگرال‌گیر Störmer-Verlet
• 6. انتگرال‌گیر Velocity Verlet
• 7. اهمیت گام زمانی در پایداری شبیه‌سازی
• 8. انتخاب گام زمانی مناسب
• 9. اثر گام زمانی بر دقت نتایج
• 10. روش‌های تصحیح گام زمانی
• 11. شبیه‌سازی در شرایط تعادلی
• 12. مفهوم مجموعه ترمودینامیکی (Ensemble)
• 13. مجموعه میکروکانونی (NVE)
• 14. مجموعه کانونی (NVT)
• 15. روش لانژون برای مجموعه NVT
• 16. روش ترموستات‌های دیگر
• 17. مجموعه ایزothermal-ایزوباریک (NPT)
• 18. ترموستات و باروستات در NPT
• 19. روش‌های باروستات
• 20. شبیه‌سازی در شرایط غیرتعادلی
• 21. مفهوم دینامیک مولکولی غیرتعادلی
• 22. کاربرد شبیه‌سازی غیرتعادلی
• 23. روش‌های اعمال تنش و کرنش
• 24. شبیه‌سازی جریان سیالات
• 25. شبیه‌سازی انتشار
• 26. شبیه‌سازی واکنش‌های شیمیایی
• 27. مکانیسم‌های واکنش
• 28. شبیه‌سازی سینتیک واکنش
• 29. محاسبه انرژی فعال‌سازی
• 30. شبیه‌سازی سیستم‌های بزرگ
• 31. مدل‌سازی حجمی (Coarse-graining)
• 32. تکنیک‌های مدل‌سازی حجمی
• 33. کاربرد مدل‌سازی حجمی
• 34. شبیه‌سازی پلیمرها
• 35. مدل‌سازی زنجیره‌های پلیمری
• 36. دینامیک زنجیره‌های پلیمری
• 37. شبیه‌سازی مواد نرم
• 38. شبیه‌سازی غشاها
• 39. شبیه‌سازی لیپیدها
• 40. شبیه‌سازی پروتئین‌ها
• 41. تاخوردگی پروتئین‌ها
• 42. شبیه‌سازی فعل و انفعالات پروتئین-لیگاند
• 43. شبیه‌سازی محاسبات کوانتومی (Ab Initio MD)
• 44. مبانی تئوری تابعی چگالی (DFT)
• 45. روش‌های تقریب در DFT
• 46. کاربرد DFT در شبیه‌سازی
• 47. پیوند بین دینامیک مولکولی و کوانتومی
• 48. شبیه‌سازی با استفاده از DFT
• 49. مزایا و معایب Ab Initio MD
• 50. انتخاب روش مناسب برای شبیه‌سازی
• 51. اعتبارسنجی نتایج شبیه‌سازی
• 52. مقایسه با داده‌های تجربی
• 53. تحلیل خطا در شبیه‌سازی
• 54. روش‌های موازی‌سازی در شبیه‌سازی
• 55. معماری‌های موازی
• 56. پیاده‌سازی شبیه‌سازی موازی
• 57. استفاده از پردازنده‌های گرافیکی (GPU)
• 58. شبیه‌سازی بر روی GPU
• 59. بهینه‌سازی کد برای GPU
• 60. مقدمه‌ای بر مدل‌های مولکولی
• 61. نیروهای بین مولکولی (Force Fields)
• 62. مدل‌های نیروهای کلاسیک
• 63. پارامترسازی مدل‌های نیرو
• 64. مدل‌های نیرو برای مولکول‌های آلی
• 65. مدل‌های نیرو برای فلزات
• 66. مدل‌های نیرو برای یون‌ها
• 67. مدل‌های نیرو برای جامدات
• 68. مدل‌سازی مولکول‌های زیستی
• 69. شبیه‌سازی حلال‌ها
• 70. اثر حلال بر دینامیک مولکولی
• 71. شبیه‌سازی سیستم‌های آبی
• 72. شبیه‌سازی سیستم‌های غیرآبی
• 73. شبیه‌سازی پدیده‌های سطحی
• 74. شبیه‌سازی جذب و دفع
• 75. شبیه‌سازی پدیده‌های انتقال جرم
• 76. شبیه‌سازی پدیده‌های انتقال حرارت
• 77. شبیه‌سازی خواص ترموفیزیکی
• 78. شبیه‌سازی خواص مکانیکی
• 79. شبیه‌سازی خواص الکتریکی
• 80. شبیه‌سازی خواص اپتیکی
• 81. کاربرد شبیه‌سازی در طراحی مواد
• 82. کاربرد شبیه‌سازی در داروسازی
• 83. کاربرد شبیه‌سازی در علم مواد
• 84. کاربرد شبیه‌سازی در شیمی فیزیک
• 85. کاربرد شبیه‌سازی در مهندسی شیمی
• 86. کاربرد شبیه‌سازی در فیزیک حالت جامد
• 87. کاربرد شبیه‌سازی در بیوفیزیک
• 88. مباحث پیشرفته در دینامیک مولکولی
• 89. روش‌های مونت کارلو در شبیه‌سازی
• 90. ترکیب دینامیک مولکولی و مونت کارلو
• 91. شبیه‌سازی نمونه‌گیری پیشرفته
• 92. شبیه‌سازی در مقیاس‌های زمانی طولانی
• 93. تکنیک‌های تسریع شبیه‌سازی
• 94. آینده شبیه‌سازی دینامیک مولکولی