کتاب مقدمه‌ای بر محاسبات در شبیه‌سازی دینامیک مولکولی
, ,

کتاب مقدمه‌ای بر محاسبات در شبیه‌سازی دینامیک مولکولی

تومان249,950

انتخاب پلن

torobpay
هر قسط با ترب‌پی: تومان62,488
۴ قسط ماهانه. بدون سود، چک و ضامن.
شناسه محصول: SuperCourse-0000000338 دسته: , , برچسب: , , , , , , , , , , , , , ,

📚 محتوای این محصول آموزشی (پکیج کامل)

💡 این محصول یک نسخهٔ کامل و جامع است

تمامی محتوای آموزشی این کتاب در قالب یک بسته‌ی کامل و یکپارچه ارائه می‌شود و شامل تمام نسخه‌ها و فایل‌های موردنیاز برای یادگیری است.

🎁 محتویات کامل بسته دانلودی

🎯 این بسته یک دورهٔ آموزشی کامل و چندلایه است؛ شامل کتاب‌ها، تمرین‌ها و خودآزمایی .

ℹ️ نکات مهم هنگام خرید

  • این محصول به صورت فایل دانلودی کامل ارائه می‌شود و نسخهٔ چاپی ندارد.
  • توجه: لینک‌های اختصاصی دوره طی حداکثر 24 ساعت پس از ثبت سفارش ارسال می‌شوند.
  • دقت کنید لینک ها به شماره موبایل شما ارسال می شوند. پس در ارائه شماره موبایل صحیح دقت کنید.
  • برای راهنمایی در مورد نحوه دانلود به شماره 09395106248 پیامک دهید یا تماس بگیرید. (ایده آل ترین گزینه ارسال پیام در یکی از پیام رسان ها به همین شماره است تا سریعا لینک های کتاب همانجا برای شما ارسال گردد.)
  • اگر پرداخت انجام شده ولی بعد از 24 ساعت هنوز لینک‌ها را دریافت نکرده‌اید، نام و نام خانوادگی و نام محصول را پیامک کنید تا لینک‌ها دوباره ارسال شوند.

💬 راه‌های ارتباطی پشتیبانی:
واتس‌اپ یا هر پیام رسان داخلی یا پیامک: 09395106248
تلگرام: @ma_limbs

📚 کتاب آموزشی جامع

📚 اطلاعات کتاب

عنوان کتاب: کتاب مقدمه‌ای بر محاسبات در شبیه‌سازی دینامیک مولکولی

موضوع کلی: برنامه نویسی

موضوع میانی: محاسبات سطح بالا (High-Performance Computing)

📋 سرفصل‌های کتاب (100 موضوع)

  • 1. معرفی دینامیک مولکولی و کاربردهای آن
  • 2. محدودیت‌های روش‌های آزمایشگاهی در مقیاس اتمی
  • 3. تاریخچه و تحول شبیه‌سازی‌های مولکولی
  • 4. معرفی محاسبات سطح بالا (HPC)
  • 5. اهمیت HPC در دینامیک مولکولی
  • 6. سیستم‌های مدل‌سازی شده: اتم‌ها، مولکول‌ها، میدان نیرو
  • 7. میدان‌های نیرو: مفهوم و اجزا (پیوندی و ناپیوندی)
  • 8. ترکیبات پیوندی: پیوند، زاویه، پیچش
  • 9. ترکیبات ناپیوندی: واندروالسی و الکترواستاتیک
  • 10. مدل‌های آب و حلال‌ها
  • 11. معادلات حرکت نیوتن و مکانیک کلاسیک
  • 12. الگوریتم‌های انتگرال‌گیری: مقدمه
  • 13. الگوریتم ورلت (Verlet) و انواع آن
  • 14. الگوریتم Leapfrog و ویژگی‌های آن
  • 15. انتخاب گام زمانی مناسب
  • 16. ساختار داده‌ها در شبیه‌سازی‌های علمی
  • 17. الگوریتم‌ها و پیچیدگی زمانی آنها
  • 18. معرفی زبان‌های برنامه‌نویسی برای HPC (C++/Fortran)
  • 19. اصول برنامه‌نویسی ساخت‌یافته و شی‌گرا (مفاهیم اولیه)
  • 20. مدیریت حافظه (استاتیک و دینامیک) در برنامه‌نویسی
  • 21. اشاره‌گرها و آرایه‌ها در C/C++
  • 22. ساختارها و کلاس‌ها (مفاهیم اولیه)
  • 23. کامپایل و لینک‌کردن کد برنامه‌ها
  • 24. خطایابی و دیباگ‌کردن (مقدماتی)
  • 25. سیستم‌عامل‌ها در محیط HPC (لینوکس)
  • 26. ابزارهای خط فرمان ضروری برای توسعه
  • 27. سیستم‌های فایل توزیع‌شده و موازی
  • 28. مفاهیم اولیه پایگاه داده برای داده‌های شبیه‌سازی
  • 29. ابزارهای کنترل نسخه (Git)
  • 30. معرفی ابزارهای تحلیل و مصورسازی (VMD, PyMOL)
  • 31. سلسله‌مراتب حافظه و تاثیر آن بر عملکرد
  • 32. حافظه کش و اصول بهینه‌سازی دسترسی به حافظه
  • 33. مفهوم موازی‌سازی: چرا و چگونه؟
  • 34. انواع موازی‌سازی: داده‌محور، وظیفه‌محور
  • 35. معماری‌های کامپیوتر موازی: حافظه مشترک و توزیع‌شده
  • 36. معیارهای ارزیابی عملکرد: شتاب (Speedup) و کارایی (Efficiency)
  • 37. قانون امدال (Amdahl's Law) و قانون گوسطافسون (Gustafson's Law)
  • 38. مقدمه‌ای بر OpenMP (موازی‌سازی حافظه مشترک)
  • 39. دایرکتیوهای اصلی OpenMP: `parallel`, `for`, `sections`
  • 40. متغیرهای مشترک و خصوصی در OpenMP
  • 41. همگام‌سازی (Synchronization) در OpenMP: `barrier`, `critical`, `atomic`
  • 42. کاهش (Reduction) در OpenMP
  • 43. اصول طراحی الگوریتم‌های موازی کارآمد
  • 44. مقدمه‌ای بر MPI (موازی‌سازی حافظه توزیع‌شده)
  • 45. توابع اولیه MPI: `MPI_Init`, `MPI_Finalize`, `MPI_Comm_size`, `MPI_Comm_rank`
  • 46. ارتباط نقطه‌به‌نقطه در MPI: `MPI_Send`, `MPI_Recv`, `MPI_Isend`, `MPI_Irecv`
  • 47. ارتباطات جمعی در MPI: `MPI_Bcast`, `MPI_Reduce`, `MPI_Gather`, `MPI_Scatter`, `MPI_Allreduce`
  • 48. انواع داده‌های MPI و ساختارهای داده سفارشی
  • 49. توپولوژی‌های مجازی در MPI
  • 50. مدیریت خطا در MPI
  • 51. ترکیب OpenMP و MPI (Hybrid Parallelism)
  • 52. پیاده‌سازی موازی میدان نیرو: چالش‌ها و روش‌ها
  • 53. لیست همسایگی (Neighbor Lists): ساخت و به‌روزرسانی موازی
  • 54. روش‌های برش (Cutoff) و تاثیر آن بر عملکرد محاسباتی
  • 55. شرایط مرزی تناوبی (Periodic Boundary Conditions) و پیاده‌سازی موازی آنها
  • 56. محاسبه نیروهای بلندبرد: چالش‌های موازی‌سازی
  • 57. روش Ewald و PME (Particle Mesh Ewald) برای نیروهای بلندبرد
  • 58. الگوریتم‌های تخصیص بار (Load Balancing) در دینامیک مولکولی
  • 59. موازی‌سازی داده‌ها در MD (تجزیه دامنه و تجزیه ذره‌ای)
  • 60. موازی‌سازی وظایف در MD
  • 61. استفاده از ساختارهای داده موازی در کدهای MD
  • 62. معرفی GROMACS به عنوان یک نرم‌افزار HPC MD
  • 63. معماری موازی GROMACS و پیکربندی آن
  • 64. معرفی LAMMPS و قابلیت‌های موازی و پلتفرمی آن
  • 65. برنامه‌نویسی اسکریپت در LAMMPS برای شبیه‌سازی‌ها
  • 66. معرفی NAMD و ویژگی‌های HPC آن (Charm++)
  • 67. بهینه‌سازی ورودی و خروجی (I/O) در شبیه‌سازی‌های بزرگ
  • 68. بررسی و پروفایل‌کردن عملکرد کد MD
  • 69. ابزارهای پروفایل‌سازی (مثال: VTune, Valgrind, gprof)
  • 70. تکنیک‌های بهینه‌سازی سطح کد: Loop unrolling, Vectorization
  • 71. تاثیر کامپایلر و فلگ‌های بهینه‌سازی بر عملکرد
  • 72. معماری پردازنده‌های گرافیکی (GPUs)
  • 73. تفاوت CPU و GPU در پردازش موازی
  • 74. مدل برنامه‌نویسی CUDA: هسته‌ها (Kernels)، بلاک‌ها و Threadها
  • 75. مدیریت حافظه در CUDA: Global, Shared, Constant Memory
  • 76. بهینه‌سازی دسترسی به حافظه در CUDA
  • 77. موازی‌سازی محاسبات میدان نیرو روی GPU
  • 78. چالش‌های انتقال داده بین CPU و GPU و بهینه‌سازی آن
  • 79. استفاده از شتاب‌دهنده‌های دیگر (FPGA, Xeon Phi)
  • 80. شتاب‌دهی GPU در GROMACS/LAMMPS/NAMD
  • 81. برنامه‌نویسی OpenCL به عنوان جایگزین CUDA
  • 82. آماده‌سازی سیستم برای شبیه‌سازی: ساختار اولیه و حلال‌پوشی
  • 83. تعادل‌سازی (Equilibration) و گرم‌کردن سیستم
  • 84. انتخاب مجموعه (Ensemble): NVT, NPT, NVE
  • 85. ترموستات‌ها و باروستات‌ها در شبیه‌سازی
  • 86. اجرای شبیه‌سازی روی خوشه (Cluster)
  • 87. سیستم‌های مدیریت منابع (Job Schedulers): SLURM, PBS
  • 88. نوشتن اسکریپت‌های اجرای job (Job scripts)
  • 89. مانیتورینگ پیشرفت شبیه‌سازی و وضعیت منابع
  • 90. ذخیره و بازیابی داده‌های شبیه‌سازی (فرمت‌های فایل)
  • 91. تحلیل تراژکتوری: RMSD, RMSF, شعاع ژیراسیون
  • 92. محاسبه خواص ترمودینامیکی و سینتیکی
  • 93. روش‌های نمونه‌برداری پیشرفته (Enhanced Sampling)
  • 94. دینامیک مولکولی متاستابل (Metadynamics)
  • 95. دینامیک مولکولی واکنشی (Reactive MD)
  • 96. شبیه‌سازی‌های QM/MM (مکانیک کوانتومی/مولکولی)
  • 97. محاسبات انرژی آزاد (Free Energy Calculations)
  • 98. مدل‌های درشت‌دانه (Coarse-Grained Models)
  • 99. یادگیری ماشین در دینامیک مولکولی و HPC
  • 100. استفاده از ابررایانه‌ها (Supercomputers) و ابرپردازش

📚 محتوای این محصول آموزشی (پکیج کامل)

💡 این محصول یک نسخهٔ کامل و جامع است

تمامی محتوای آموزشی این کتاب در قالب یک بسته‌ی کامل و یکپارچه ارائه می‌شود و شامل تمام نسخه‌ها و فایل‌های موردنیاز برای یادگیری است.

🎁 محتویات کامل بسته دانلودی

🎯 این بسته یک دورهٔ آموزشی کامل و چندلایه است؛ شامل کتاب‌ها، تمرین‌ها و خودآزمایی .

ℹ️ نکات مهم هنگام خرید

  • این محصول به صورت فایل دانلودی کامل ارائه می‌شود و نسخهٔ چاپی ندارد.
  • توجه: لینک‌های اختصاصی دوره طی حداکثر 24 ساعت پس از ثبت سفارش ارسال می‌شوند.
  • دقت کنید لینک ها به شماره موبایل شما ارسال می شوند. پس در ارائه شماره موبایل صحیح دقت کنید.
  • برای راهنمایی در مورد نحوه دانلود به شماره 09395106248 پیامک دهید یا تماس بگیرید. (ایده آل ترین گزینه ارسال پیام در یکی از پیام رسان ها به همین شماره است تا سریعا لینک های کتاب همانجا برای شما ارسال گردد.)
  • اگر پرداخت انجام شده ولی بعد از 24 ساعت هنوز لینک‌ها را دریافت نکرده‌اید، نام و نام خانوادگی و نام محصول را پیامک کنید تا لینک‌ها دوباره ارسال شوند.

💬 راه‌های ارتباطی پشتیبانی:
واتس‌اپ یا هر پیام رسان داخلی یا پیامک: 09395106248
تلگرام: @ma_limbs

دیدگاهها

هیچ دیدگاهی برای این محصول نوشته نشده است.

اولین نفری باشید که دیدگاهی را ارسال می کنید برای “کتاب مقدمه‌ای بر محاسبات در شبیه‌سازی دینامیک مولکولی”

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *

محصولات مشابه

پیمایش به بالا