کتاب مقدمه‌ای بر محاسبات در شبیه‌سازی مولکولی دینامیک
, ,

کتاب مقدمه‌ای بر محاسبات در شبیه‌سازی مولکولی دینامیک

تومان249,950

انتخاب پلن

torobpay
هر قسط با ترب‌پی: تومان62,488
۴ قسط ماهانه. بدون سود، چک و ضامن.
شناسه محصول: SuperCourse-0000000398 دسته: , ,

📚 محتوای این محصول آموزشی (پکیج کامل)

💡 این محصول یک نسخهٔ کامل و جامع است

تمامی محتوای آموزشی این کتاب در قالب یک بسته‌ی کامل و یکپارچه ارائه می‌شود و شامل تمام نسخه‌ها و فایل‌های موردنیاز برای یادگیری است.

🎁 محتویات کامل بسته دانلودی

🎯 این بسته یک دورهٔ آموزشی کامل و چندلایه است؛ شامل کتاب‌ها، تمرین‌ها و خودآزمایی .

ℹ️ نکات مهم هنگام خرید

  • این محصول به صورت فایل دانلودی کامل ارائه می‌شود و نسخهٔ چاپی ندارد.
  • توجه: لینک‌های اختصاصی دوره طی حداکثر 24 ساعت پس از ثبت سفارش ارسال می‌شوند.
  • دقت کنید لینک ها به شماره موبایل شما ارسال می شوند. پس در ارائه شماره موبایل صحیح دقت کنید.
  • برای راهنمایی در مورد نحوه دانلود به شماره 09395106248 پیامک دهید یا تماس بگیرید. (ایده آل ترین گزینه ارسال پیام در یکی از پیام رسان ها به همین شماره است تا سریعا لینک های کتاب همانجا برای شما ارسال گردد.)
  • اگر پرداخت انجام شده ولی بعد از 24 ساعت هنوز لینک‌ها را دریافت نکرده‌اید، نام و نام خانوادگی و نام محصول را پیامک کنید تا لینک‌ها دوباره ارسال شوند.

💬 راه‌های ارتباطی پشتیبانی:
واتس‌اپ یا هر پیام رسان داخلی یا پیامک: 09395106248
تلگرام: @ma_limbs

📚 کتاب آموزشی جامع

📚 اطلاعات کتاب

عنوان کتاب: کتاب مقدمه‌ای بر محاسبات در شبیه‌سازی مولکولی دینامیک

موضوع کلی: برنامه نویسی

موضوع میانی: محاسبات سطح بالا (High-Performance Computing)

📋 سرفصل‌های کتاب (100 موضوع)

  • 1. مقدمه‌ای بر شبیه‌سازی مولکولی دینامیک
  • 2. اهمیت MD در علوم زیستی و مواد
  • 3. مروری بر مفاهیم پایه شیمی و فیزیک مولکولی
  • 4. اتم‌ها، مولکول‌ها و پیوندهای شیمیایی
  • 5. مقدمه‌ای بر مکانیک کلاسیک
  • 6. قوانین حرکت نیوتن
  • 7. انرژی پتانسیل و توابع نیرو
  • 8. مقدمه‌ای بر الگوریتم‌ها و ساختمان داده‌ها
  • 9. مفاهیم پایه برنامه نویسی (متغیرها، حلقه‌ها، شرط‌ها)
  • 10. آشنایی با زبان‌های برنامه نویسی مرتبط (پایتون، سی‌پلاس‌پلاس)
  • 11. اصول تفکر محاسباتی
  • 12. سیستم‌های مختصات و بردارهای مکان
  • 13. مشتقات و انتگرال‌گیری عددی
  • 14. خطای عددی و پایداری
  • 15. نمایش داده‌های مولکولی در کامپیوتر
  • 16. میدان‌های نیرو در MD (Force Fields)
  • 17. اجزای میدان نیرو: پیوندی و غیرپیوندی
  • 18. توابع پتانسیل پیوندی (کشیدگی پیوند، زاویه، پیچش)
  • 19. توابع پتانسیل غیرپیوندی (لئونارد-جونز، کولمب)
  • 20. محاسبات نیروی بین اتمی
  • 21. معادلات حرکت نیوتن در MD
  • 22. الگوریتم‌های انتگرال‌گیر: وِرلت (Verlet)
  • 23. الگوریتم وِرلت جهشی (Leapfrog Verlet)
  • 24. انتخاب گام زمانی (Time Step) مناسب
  • 25. شرایط مرزی تناوبی (Periodic Boundary Conditions – PBC)
  • 26. محاسبات همسایه نزدیک (Neighbor Lists)
  • 27. الگوریتم‌های بهینه برای ساخت لیست همسایه
  • 28. برهم‌کنش‌های دوربرد (Long-Range Interactions)
  • 29. روش‌های قطع میدان نیرو (Cut-off Methods)
  • 30. جمع‌بندی اوالد (Ewald Summation)
  • 31. روش Ewald توری ذره‌ای (Particle Mesh Ewald – PME)
  • 32. ثابت‌کننده‌های دما (Thermostats): نوز-هوور (Nose-Hoover)
  • 33. ثابت‌کننده‌های فشار (Barostats): پَرینلو-رحمان (Parrinello-Rahman)
  • 34. آنسامبل‌های آماری (Statistical Ensembles): NVE, NVT, NPT
  • 35. مقداردهی اولیه سیستم (Initial Configuration)
  • 36. حداقل‌سازی انرژی (Energy Minimization)
  • 37. تعادل‌سازی سیستم (Equilibration)
  • 38. فاز تولید (Production Run)
  • 39. ساختار داده برای سیستم‌های مولکولی
  • 40. مقدمه‌ای بر محاسبات سطح بالا (HPC)
  • 41. معماری سیستم‌های کامپیوتری مدرن (CPU، GPU)
  • 42. سلسله مراتب حافظه (Memory Hierarchy): کش، RAM، دیسک
  • 43. اصول کارکرد پردازنده‌های چندهسته‌ای (Multi-core CPUs)
  • 44. پردازنده‌های گرافیکی (GPUs) و معماری موازی آنها
  • 45. خوشه‌های کامپیوتری (Clusters) و ابرکامپیوترها
  • 46. سنجش عملکرد (Performance Metrics): FLOPS, Bandwidth, Latency
  • 47. پروفایلینگ و بنچمارکینگ کد
  • 48. بهینه‌سازی کامپایلر (Compiler Optimizations)
  • 49. مقدمه‌ای بر برنامه نویسی موازی
  • 50. مفاهیم برنامه نویسی حافظه مشترک (Shared Memory): OpenMP
  • 51. دستورالعمل‌های اصلی OpenMP (parallel for, sections)
  • 52. مفاهیم برنامه نویسی حافظه توزیع شده (Distributed Memory): MPI
  • 53. توابع اصلی MPI (MPI_Init, MPI_Send, MPI_Recv, MPI_Finalize)
  • 54. ارتباطات نقطه‌به‌نقطه (Point-to-Point Communication) در MPI
  • 55. ارتباطات جمعی (Collective Communication) در MPI
  • 56. همگام‌سازی (Synchronization) در برنامه نویسی موازی
  • 57. معرفی CUDA/OpenCL برای برنامه نویسی GPU
  • 58. مدل برنامه نویسی هسته (Kernel) در GPU
  • 59. مدیریت حافظه در GPU
  • 60. مفهوم موازی‌سازی داده (Data Parallelism) و وظیفه (Task Parallelism)
  • 61. چالش‌های موازی‌سازی شبیه‌سازی MD
  • 62. استراتژی‌های موازی‌سازی در MD: تجزیه اتمی (Atom Decomposition)
  • 63. استراتژی تجزیه دامنه (Domain Decomposition)
  • 64. محاسبات نیرو در MD با تجزیه دامنه
  • 65. توازن بار (Load Balancing) در شبیه‌سازی‌های موازی MD
  • 66. بهینه‌سازی دسترسی به حافظه در MD
  • 67. استفاده از دستورالعمل‌های SIMD/Vectorization
  • 68. موازی‌سازی محاسبات غیرپیوندی روی CPU
  • 69. موازی‌سازی محاسبات پیوندی روی CPU
  • 70. بهینه‌سازی MPI برای ارتباطات لیست همسایه
  • 71. پیاده‌سازی موازی‌سازی با OpenMP در MD
  • 72. پیاده‌سازی موازی‌سازی با MPI در MD
  • 73. موازی‌سازی ترکیبی MPI/OpenMP در MD
  • 74. شتاب‌دهی MD با استفاده از GPU
  • 75. موازی‌سازی محاسبات غیرپیوندی روی GPU (CUDA/OpenCL)
  • 76. موازی‌سازی PME روی GPU
  • 77. چالش‌های I/O در شبیه‌سازی‌های MD در مقیاس بزرگ
  • 78. استفاده از فرمت‌های کارآمد داده (HDF5, NetCDF)
  • 79. مقیاس‌پذیری (Scalability) کدهای MD
  • 80. تحلیل عملکرد و Bottleneck در کدهای MD موازی
  • 81. الگوریتم‌های موازی برای دینامیک مولکولی در خوشه‌های بزرگ
  • 82. موازی‌سازی برای محاسبات طولانی‌مدت (Hybrid Monte Carlo)
  • 83. نقش HPC در کاهش زمان شبیه‌سازی
  • 84. مدیریت و نظارت بر منابع در HPC
  • 85. اصول برنامه‌ریزی و ارسال کار (Job Scheduling) در خوشه‌ها
  • 86. تحلیل مسیر (Trajectory Analysis) در MD
  • 87. ابزارهای تحلیل: RMSD, RDF, هیدروژن باند
  • 88. نرم‌افزارهای شبیه‌سازی MD (GROMACS, NAMD, LAMMPS)
  • 89. انتخاب نرم‌افزار مناسب برای پروژه
  • 90. بصری‌سازی نتایج MD (VMD, PyMOL)
  • 91. روش‌های نمونه‌برداری پیشرفته (Enhanced Sampling): REMD, Metadynamics
  • 92. محاسبات انرژی آزاد (Free Energy Calculations)
  • 93. تکنیک‌های درشت‌دانه‌سازی (Coarse-Graining)
  • 94. روش‌های ترکیبی QM/MM
  • 95. اشکال‌زدایی (Debugging) و اعتبارسنجی (Validation) شبیه‌سازی‌ها
  • 96. مدیریت داده‌های بزرگ شبیه‌سازی
  • 97. آشنایی با پلتفرم‌های ابری برای HPC
  • 98. چالش‌ها و روندهای آینده در MD و HPC
  • 99. کاربردهای صنعتی و تحقیقاتی MD و HPC
  • 100. نکات پایانی و منابع برای یادگیری بیشتر

📚 محتوای این محصول آموزشی (پکیج کامل)

💡 این محصول یک نسخهٔ کامل و جامع است

تمامی محتوای آموزشی این کتاب در قالب یک بسته‌ی کامل و یکپارچه ارائه می‌شود و شامل تمام نسخه‌ها و فایل‌های موردنیاز برای یادگیری است.

🎁 محتویات کامل بسته دانلودی

🎯 این بسته یک دورهٔ آموزشی کامل و چندلایه است؛ شامل کتاب‌ها، تمرین‌ها و خودآزمایی .

ℹ️ نکات مهم هنگام خرید

  • این محصول به صورت فایل دانلودی کامل ارائه می‌شود و نسخهٔ چاپی ندارد.
  • توجه: لینک‌های اختصاصی دوره طی حداکثر 24 ساعت پس از ثبت سفارش ارسال می‌شوند.
  • دقت کنید لینک ها به شماره موبایل شما ارسال می شوند. پس در ارائه شماره موبایل صحیح دقت کنید.
  • برای راهنمایی در مورد نحوه دانلود به شماره 09395106248 پیامک دهید یا تماس بگیرید. (ایده آل ترین گزینه ارسال پیام در یکی از پیام رسان ها به همین شماره است تا سریعا لینک های کتاب همانجا برای شما ارسال گردد.)
  • اگر پرداخت انجام شده ولی بعد از 24 ساعت هنوز لینک‌ها را دریافت نکرده‌اید، نام و نام خانوادگی و نام محصول را پیامک کنید تا لینک‌ها دوباره ارسال شوند.

💬 راه‌های ارتباطی پشتیبانی:
واتس‌اپ یا هر پیام رسان داخلی یا پیامک: 09395106248
تلگرام: @ma_limbs

دیدگاهها

هیچ دیدگاهی برای این محصول نوشته نشده است.

اولین نفری باشید که دیدگاهی را ارسال می کنید برای “کتاب مقدمه‌ای بر محاسبات در شبیه‌سازی مولکولی دینامیک”

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *

محصولات مشابه

پیمایش به بالا